Owen are un singur țel: să dovedească nevinovăția tatălui său, mort în închisoare. Cu ajutorul unui dispozitiv ce permite explorarea amintirilor genetice îngropate în ADN, el speră să găsească probele de care are nevoie. Când descoperă însă Tridentul din Eden, o relicvă considerată mult timp o legendă, tânărul nu știe că acesta este râvnit de două organizații secrete - Frăția Asasinilor și Ordinul Templierilor -, ce nu vor ezita escaladarea conflictului lor ancestral, trecutul și prezentul fiind câmpul lor de luptă.
Dacă identifică pe cineva care, în decursul vremurilor, a venit în contact cu o parte din Eden, Asasinii și Templierii se folosesc de Animus ca să pătrundă în amintirile descendenților săi și s-o localizeze.